Graphene: A Context-Preserving Open Information Extraction System

We introduce Graphene, an Open IE system whose goal is to generate accurate, meaningful and complete propositions that may facilitate a variety of downstream semantic applications. For this purpose, we transform syntactically complex input sentences into clean, compact structures in the form of core facts and accompanying contexts, while identifying the rhetorical relations that hold between them in order to maintain their semantic relationship. In that way, we preserve the context of the relational tuples extracted from a source sentence, generating a novel lightweight semantic representation for Open IE that enhances the expressiveness of the extracted propositions.Comment: 27th International Conference on Computational Linguistics (COLING 2018

Graphene: Semantically-Linked Propositions in Open Information Extraction

We present an Open Information Extraction (IE) approach that uses a two-layered transformation stage consisting of a clausal disembedding layer and a phrasal disembedding layer, together with rhetorical relation identification. In that way, we convert sentences that present a complex linguistic structure into simplified, syntactically sound sentences, from which we can extract propositions that are represented in a two-layered hierarchy in the form of core relational tuples and accompanying contextual information which are semantically linked via rhetorical relations. In a comparative evaluation, we demonstrate that our reference implementation Graphene outperforms state-of-the-art Open IE systems in the construction of correct n-ary predicate-argument structures. Moreover, we show that existing Open IE approaches can benefit from the transformation process of our framework.Comment: 27th International Conference on Computational Linguistics (COLING 2018

Ressonância Magnética Multiparamétrica na deteção do carcinoma da próstata

Trabalho final de mestrado integrado em Medicina, apresentado à Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra.Introdução O carcinoma da próstata é o segundo carcinoma mais frequente no homem. O diagnóstico é feito com base em análise histopatológica obtida em biopsia dirigida por ecografia transrectal. A baixa taxa de deteção da biopsia sistemática obriga à repetição da técnica aumentando os efeitos secundários deste procedimento invasivo. A Ressonância Magnética Multiparamétrica está indicada no estadiamento do carcinoma da próstata, e tem vindo a mostrar bons resultados na deteção e orientação da biopsia. Contudo, a variabilidade destes resultados têm impedido a sua indicação clara no diagnóstico. Com a criação do score PIRADS (Prostate Imaging Reporting and Data System) pela ESUR (European Society of Urogenital Radiology) foi dado um passo no sentido da normalização da técnica que, ainda assim, deve ser confirmada e aperfeiçoada. Objetivo Avaliar a utilidade dos diversos parâmetros da Ressonância Magnética, isoladamente e em conjunto, na deteção de carcinoma prostático em doentes com suspeita clinica e biopsias negativas. Materiais e Métodos No estudo foram incluídos 34 indivíduos com suspeita de carcinoma prostático e biopsias prévias negativas. Foram sujeitos a Ressonância Magnética Multiparamétrica e nova biopsia foi realizada posteriormente. Os doentes com baixa probabilidade de carcinoma e que não realizaram biopsia foram seguidos prospectivamente. Os parâmetros avaliados incluem a ponderação T2, ponderação em difusão, estudo dinâmico após contraste e espectroscopia. Os exames foram obtidos por um equipamento Magnetom Trio Tim, 3 Tesla, Siemens. Foi usada antena de coluna com 12 canais e “body phased array” com 16 canais. As imagens foram classificadas com base no score PIRADS. Com o objetivo de análise os scores foram dicotomizados: scores 4 e 5 foram considerados como resultado positivo e scores 1, 2 e 3 foram considerados negativos. Foi calculada a sensibilidade, especificidade, acuidade, valor preditivo positivo e negativo. Foi calculada a área sob a curva (AUC) para cada parâmetro, para a combinação de parâmetros excluindo a espectroscopia e para o resultado global da Ressonância Magnética. Para cada grau Gleason encontrado calculou-se a média de scores em cada parâmetro e as médias foram comparadas. Resultados Dos 34 doentes sujeitos a estudo foram identificados 8 carcinomas prostáticos após resultado positivo na Ressonância Magnética. Para o resultado global a sensibilidade foi de 88.89%, a especificidade de 80%, o valor preditivo negativo de 95.23%, o valor preditivo positivo de 61.54% e a acuidade de 82.35%. A AUC global foi de 0.887 (p=0.001). A espectroscopia foi o parâmetro que individualmente apresentou uma AUC mais elevada com um valor de 0.880 (p=0.006) seguida da ponderação T2 com 0.838 (p=0.015), ponderação em difusão com 0.741 (p=0.083) e por ultimo o estudo com contraste com 0.713 (p=0.125). A combinação da ponderação T2, difusão e estudo com contraste apresentou uma AUC de 0.856 (p=0.002). Na comparação de médias dos scores em cada grau Gleason não se encontrou diferenças estatisticamente significativas. 4 Conclusão A Ressonância Magnética Multiparamétrica de 3T com ponderação em T2, difusão, contraste dinâmico e espectroscopia é útil na deteção de carcinoma e na orientação da biopsia prostática. Estes resultados são assim mais um contributo no esclarecimento do potencial papel deste exame imagiológico no diagnóstico do carcinoma prostático.Introduction Prostate cancer is the second most frequent cancer in men. Diagnosis is made based on histophatologic analysis, obtained by transrectal ultrasound-guided prostate biopsy. The low rate of detection found in the systematic biopsy forces the repetition of the procedure, increasing the adverse effects of this invasive technique. Multiparametric Magnetic Resonance is indicated in prostate cancer staging, and has been showing good results in its detection and in guided biopsy. However, variable results have hampered a clear indication in diagnosis. With the creation of PIRADS (Prostate Imaging Reporting and Data System) score by ESUR (European Society of Urogenital Radiology), it was given a step forward in achieving the technique normalization, nevertheless, it should be confirmed and improved. Objectives The aim is to evaluate the utility of the several parameters included in Magnetic Resonance, singly and together, in detection of prostate cancer in patients with both clinical suspicion and negative biopsies. Methods In this study there were 34 patients with suspected prostate cancer and negative preview biopsies. They were subjected to Multiparametric Magnetic Resonance and a new biopsy was taken later. The patients with low probability of prostate cancer and whom, because of that, didn’t realize biopsy, were followed and analyzed prospectively. The combination of parameters includes T2-weighted images, diffusion-weighted, dynamic contrast-enhanced imaging and spectroscopy. The technique was made with an equipment Magneton Trio Tim, 3 Tesla, Siemens. It was used spine coil with 12 channels and body phased array with 16 channels. Resulting images were classified based on PIRADS score. For analysis, results were dichotomized: 4 and 5 were considered a positive result, and 1, 2 and 3 were considered as a negative result. It were determined sensitivity, specificity, accuracy, positive predictive value and negative predictive value. ROC curve was made and the area under the curve (AUC) was determinated for each parameter, for the parameters combination without spectroscopy, and for the global result of Magnetic Resonance. For each Gleason grade that was found, range scores in each parameter were calculated and the ranges were compared. Results Within these 34 patients there have been identified 8 prostate cancers after a positive result in Magnetic Resonance. For the global result, sensitivity was 88.89%, specificity 80%, negative predictive value 95.23%, positive predictive value 61.54% and accuracy of 82.35%. Global AUC was 0.887 (p=0.001). Spectroscopy was the parameter with the highest AUC with 0.880 (p=0.006) followed by T2-weighted with 0.838 (p=0.015), diffusion-weighted with 0.741 (p=0.083) and for last dynamic contrast-enhanced imaging 0.713 (p=0.125). The combination of T2-weighted images, diffusion-weighted and dynamic contrast-enhanced imaging revealed an AUC of 0.856 (p=0.002). The comparison of the ranges in each Gleason score didn’t show any statistically significant difference. Conclusion 3T Multiparametric Magnetic Resonance with inclusion of T2-weighted images, diffusionweighted, dynamic contrast-enhanced imaging and spectroscopy is a useful technique in 7 detection of cancer and guiding prostate biopsy. These results give a strong contribution in clarifying the potential rule of this imaging exam in the diagnosis of prostate cancer

ReLiPh: rehabilitation for lower limb with phantom pain

O membro fantasma ou sensação fantasma, ao longo dos anos, têm se destacado por ser originada de diferentes causas. Pesquisas e estudos mostram que, após uma amputação, na maioria dos casos, experienciam a sensação de membro fantasma e em muitos desses casos dolorosos. A presente tese baseia-se em uma pequena parte deste amplo tópico. Baseada na terapia de espelho usada na reabilitação e tratamento da dor fantasma. Ao longo do projeto, nós estudamos quais são os componentes mais relevantes para a reorganização/reestruturação, a fim de eliminar os sintomas negativos e futuros distúrbios/perturbações. Associada na relação do cérebro com o corpo, ou seja, as imagens formadas pelo cérebro em relação ao corpo físico desempenhando um papel crucial na relação do membro fantasma e da dor no membro fantasma, bem como no processo de cura e tratamento através de exercícios e no relacionamento da imagem que o cérebro tem do corpo físico. Esta dissertação tem como objetivo na construção de uma nova abordagem tecnológica, baseando-se nos princípios e critérios utilizados na terapia de espelho. A metodologia assenta na criação de um ambiente de realidade virtual controlado por um dispositivo que captura a atividade muscular em tempo real. Implementado num jogo baseado em movimentos/exercícios simples e naturais, sem uso de força ou esforço. Os elevados resultados verificados e testados, em indivíduos saudáveis e em um estudo de caso, na redução da dor fantasma, gerando um interesse e motivação, além de um melhor senso de presença e foco durante o seu uso. Concluindo, o projeto abre novas direções futuras de como novas abordagens tecnológicas podem ser usados nas pesquisas médicas na área do membro e na dor fantasma, em ambientes controlados e contextualizados. Melhorando a eficácia e eficiência, garantindo uma maior flexibilidade nos diferentes casos de amputação.The phantom limb or phantom sensation, over the years, has stood out being originated from different causes. Research and studies show that after an amputation, in most cases, they experience the sensation of a phantom limb and in many of those painful feelings. This thesis is based on a small part of this wide topic. Based on the mirror therapy used in rehabilitation and treatment for phantom pain. Throughout the project, we study what are the most relevant components to reorganization/restructuring in order to eliminate negative symptoms and future disturbances. Moreover it is established in the relationship of the brain with the body, that the images formed by the brain in relation to the physical body play a crucial role in the relationship with the phantom limb and phantom limb pain, as well as in the process of healing and treatment throughout exercises and the relationship of the image that the brain has to the physical body. This dissertation aims to build a new technological approach, based on the principles and criteria used in mirror therapy. The methodology is based on the creation of a virtual reality environment controlled by a device which captures the muscle activity in real time. Implemented in a game based on natural and simple effortless exercises without the use of strength. The high results verified and tested, in healthy subjects and in a case study, to reduce phantom pain, generating an interest and motivation, as well as a better sense of presence and focus during its use. In conclusion, the project opens up new future directions of how new technological approaches can be used in medical research in the field of phantom limbs and in phantom pain, in a controlled and contextualized environments and/or movements. Improving effectiveness and efficiency ensuring greater flexibility in different cases of amputation